По преданию, основан в 1030 году князем Ярославом Мудрым. Ярослав Владимирович в святом крещении носил имя Георгий; в русском языке последнее обычно имело форму «Юрий», откуда и пошло название монастыря. Первое летописное упоминание относится к 1119 году. Строения монастыря первоначально были деревянными, как и его соборная церковь Святого Георгия. В 1119 году повелением князя Мстислава Великого был заложен каменный храм — Георгиевский собор, выстроен был мастером Петром — первым русским зодчим, имя которого называют летописи. В 1125 году Мстислав наследовал престол киевский. Уже став великим князем, он женился на дочери новгородского посадника. В 1130 году он наделил Юрьев монастырь значительными земельными владениями. Жалованная грамота, написанная на пергаменте от лица Мстислава и его сына Всеволода, древнейший из сохранившихся русских юридических документов, хранится в Новгородском музее. При реставрации монастыря в 1990-х годах была обнаружена надпись на штукатурке (в бытовой графике) о посещении Юрьева монастыря Мстиславом Великим (в крещении Феодором) на свои именины: «Конязь былъ на Феодорово дьне Мстиславо». В XII-начале XIII века в монастыре были похоронены представители новгородской знати. Шесть принадлежащих им каменных саркофагов были обнаружены экспедицией Института археологии РАН в 2019 году. Стены Юрьева монастыря впервые упоминаются в летописи 1333 года. В XII — XIII веках монастырь стал государственным монастырём Новгородской республики, а её глава — новгородский архимандрит — главой городских магистратов. К концу XV века Юрьев монастырь был одним из богатейших церковных феодалов.